Năm 2004, Trường ĐHKHTN đã thành lập Công ty TNHH Khoa học Tự nhiên với sứ mệnh là đơn vị đầu tàu, kết nối các nguồn lực nhằm chuyển giao, thương mại hóa kết quả nghiên cứu KH&CN của Trường ĐHKHTN.
Để góp phần làm nổi bật vị thế của trường Đại học Khoa học tự nhiên là đơn vị trọng điểm, đầu ngành của Việt Nam về đào tạo, nghiên cứu khoa học cơ bản và khoa học công nghệ, mang tính ứng dụng cao góp phần phục vụ xã hội, năm 2020, Ban Giám hiệu Trường Đại học Khoa học Tự nhiên đã quyết định tái cấu trúc lại Công ty, với nhiệm vụ: Thu hẹp khoảng cách giữa đào tạo, nghiên cứu khoa học và sở hữu trí tuệ của Trường ĐHKHTN với thị trường; đẩy mạnh nghiên cứu liên ngành, đa lĩnh vực và nghiên cứu ứng dụng tại Trường ĐHKHTN theo hướng thương mại hóa sản phẩm; góp phần quảng bá, nâng cao vị thế và uy tín của Trường ĐHKHTN trong nước và quốc tế… Cụ thể, đã sáp nhập 2 Trung tâm dịch vụ giàu truyền thống trở thành 2 đơn vị thành viên nòng cốt, kiện toàn bộ máy quản lý các cấp từ Hội đồng thành viên, Ban giám đốc đến các phòng ban trực thuộc cũng như các đơn vị thành viên.
Với động lực phát triển mới, HUSCO đã từng bước nâng cao vị thế, mở rộng thị trường, tham gia vốn và kết nạp thêm đơn vị thành viên chuyên về Giáo dục STEM, đáp ứng mục tiêu tăng cường vai trò và trách nhiệm xã hội của đơn vị đào tạo hàng đầu trong cả nước về khoa học cơ bản và công nghệ.
